"Mothers Of The Disappeared" foi criada e mixada na casa recém-comprada na época por The Edge, em Melbeach, que o U2 utilizou como um estúdio de gravação.
Bono escreveu a canção em uma guitarra espanhola, e o baterista Larry Mullen, Jr. criou um loop de bateria que foi utilizado pelo produtor Brian Eno. A melodia provinha de uma canção que Bono escreveu na Etiópia em 1985 para ensinar as crianças sobre métodos básicos de higiene.
O produtor Daniel Lanois foi quem mixou a faixa. Bono, comparando o estúdio à um instrumento, descreveu a mixagem de Lanois como uma 'performance'.
Na conclusão da letra para a canção no encarte de The Joshua Tree, o U2 listou endereços de diversas ramificações da Anistia Internacional, e os lucros da faixa foram doados para a organização.