O U2 estreou a canção "Mothers Of The Disappeared" ao vivo em 14 de abril de 1987 em San Diego, Califórnia, na primeira perna da Joshua Tree Tour, onde ela fechou o show no lugar da canção "40", que era tradicional para a banda utilizar no encerramento dos concertos.
Nesta performance abaixo, a banda começa a tocar a canção apenas na guitarra. Logo param e utilizam o sintetizador pré gravado, para a introdução.
Duas performances da canção, em Tempe, Arizona, em 19 e 20 de Dezembro de 1987, foram filmadas para o filme de 1988, Rattle And Hum. Nas performances, o U2 cantou o refrão "el pueblo vencerá", que significa "um povo unido vencerá" em espanhol, no final da canção. Bono observou que as Madres usam a frase para motivação. The Edge disse que "estamos tão perto de uma parte de língua espanhola do mundo, que nós sentimos que talvez as pessoas no concerto poderiam pegar essa letra".
Bono acrescentou que eles haviam fechado todos os concertos desde 1983 com a canção "40", e assim eles estavam planejando substituí-la por "Mothers Of The Disappeared" a partir desse ponto. Ele explicou: "Se o povo do Arizona cantar essa, e se ela vai para o filme depois de gravada, onde quer que vamos nos próximos anos, ela será retomada. Vai ser uma experiência interessante ... ".
O registro foi considerado para a sequência de encerramento do filme, mas a banda acabou decidindo por não incluí-la. "Pride (In the Name of Love)" foi usada como a última música ao vivo, e a versão de estúdio de "All I Want Is You" foi escolhida para tocar durante os créditos.
As Madres de Plaza de Mayo se juntaram ao U2 no palco durante uma apresentação em Santiago, Chile na PopMart em 1998, quando a música voltou à ser tocada ao vivo pelo U2 na turnê, o que não acontecia desde a turnê de Joshua Tree.
Bono cantou "el pueblo vencerá" no final das performances (três concertos na Argentina e um no Chile).
A primeira interpretação foi em 5 de fevereiro de 1998 em Buenos Aires, onde foi realizada com as Madres que acompanharam o U2 no palco. A música foi tocada apenas por Bono e The Edge, com a filmagem das Mães projetadas no telão. No final da canção, os membros da banda cumprimentaram as Madres e aplaudiram, um ato no qual o resto do público se juntou. Um trecho desta performance mais tarde foi incluido no documentário feito para a televisão, Classic Albums: The Joshua Tree.
O valor dos ingressos era caro demais para muitos fãs na América do Sul, então a banda liberou uma transmissão televisiva ao vivo do concerto de 11 de Fevereiro no Chile.
Sabendo que muitas pessoas no país estaria assistindo, eles tocaram "Mothers Of The Disappeared" no lugar de "Wake Up Dead Man".
O estádio em que o concerto foi realizado tinha sido usado como um campo de prisão pelo regime de Pinochet após o Golpe de Estado. Mais uma vez, foi tocada apenas por Bono e The Edge, com a filmagem das Mães projetadas no telão. E novamente as Mães foram convidadas a se juntar à eles no palco uma segunda vez.
As Madres tinham fotografias de seus filhos e falaram sobre eles brevemente durante a performance, em um ato que recebeu uma recepção mista da platéia. Bono fez um apelo para Pinochet, pedindo-lhe para "dizer a essas mulheres, onde estão os ossos de seus filhos".
"Mothers Of The Disappeared" foi tocada novamente na quarta perna da Vertigo Tour, em 26 de Fevereiro de 2006 em Santiago e 2 de março em Buenos Aires.
Apesar de ter sido ensaiada pela banda completa, ela foi tocada apenas por Bono e The Edge em um arranjo semelhante ao da turnê PopMart. No Chile, The Edge cantou a música em um charango que o presidente chileno, Ricardo Lagos, tinha dado a Bono mais cedo naquele dia.
Foi tocada em três concertos na terceira perna da U2 360° Tour no lugar de "MLK". Um desempenho em Istambul, na Turquia, foi dedicado a Fehmi Tosun, da etnia Kurd, que foi seqüestrado em outubro de 1995 e, posteriormente, desapareceu. O rapto foi presenciado por sua esposa e filha. Nenhuma informação a respeito de seu desaparecimento é conhecido.