De acordo com o New York Post, Bono começou a compor 'Spider-Man' após Andrew Lloyd Webber brincar: "Eu gostaria de agradecer aos músicos de rock por me deixarem sozinho por 25 anos - eu tive o teatro só para mim". Foi então que Bono e Taymor "decidiram dar um pouco de competição à Andrew".
Em agosto de 2002, a Marvel anunciou que Tony Adams iria produzir um musical de palco com base nos quadrinhos do Homem-Aranha. Adams aproximou Bono e The Edge, para estarem envolvidos com o projeto. Eles, por sua vez, pediram para Taymor ser a diretora. No entanto, em outubro de 2005, Adams sofreu um derrame enquanto a equipe de criação foi reunida para assinarem os contratos, e morreu dois dias depois. Patrick Healy no The New York Times, descreveu a situação:
"Outros poderiam ter abandonado o projeto, mas a equipe de Homem-Aranha decidiu seguir adiante, com o sócio do Sr. Adams, David Garfinkle, como produtor. Um advogado de entretenimento capaz, Sr. Garfinkle tinha pouca experiência de produção, e ele cedeu decisões artísticas para a Sra. Taymor, uma perfeccionista cuja estética inclui nunca se repetir. Sr. Garfinkle não tomou o rumo que a Disney teve ao trabalhar com a Sra. Taymor em seu musical de sucesso, "O Rei Leão": seu gênio floresce melhor sob a supervisão."
A história original trata as origens do Homem Aranha de forma semelhante à história do filme de 2002, mas teceu em uma história sobre um envolvimento baseado na mitologia de Aracne. Um "coro geek" de quatro adolescentes narrados na história. Na versão reescrita, a trama corta mais perto da história em quadrinhos e do cinema e guarnições e transforma o papel de Aracne em uma "alma gêmea nos sonhos do Homem-Aranha".
Bono observou que, mesmo usando "rock" para descrever a música, é muito estreita uma descrição, porque "mudamos para fora do idioma do rock and roll, para lugares em algum território muito novo para nós, incluindo grandes músicas e canções dançantes".
2°ATO:
O Duende Verde surge com um plano para alterar geneticamente os outros seres humanos como ele fez a si mesmo ("A Freak Like Me Needs Company").
Através de suas experiências sobre seus ex-funcionários, ele consegue criar seis vilões: Carnificina, Electro, Kraven, o Caçador, Lagarto, Enxame e Swiss Miss (criada especialmente para o musical).
Mary Jane diz a Peter que seu amor por ele cresceu e ele admite que o sentimento é mútuo ("If the World Should End").
O Duende e sua nova aliança de criminosos - que se autodenominam de "Os Seis Sinistros" - vão enfurecidos por Nova York ("Sinistereo").
Homem-Aranha rapidamente derrota os Seis Sinistros, e os cidadãos de Nova York torcem por ele ("Spider-Man!"), sem saber que o Duende conseguiu escapar. O Duende chega ao Clarim Diário e diz à Jameson para imprimir seus planos de dominar o mundo através de mutação genética. O Duende também diz à Jameson, que deu vida ao Homem-Aranha, fazendo Jameson acreditar que o Homem-Aranha está em aliança com o Duende e, portanto, dando ao Homem-Aranha uma imagem ainda pior no Clarim.
Mais tarde naquela noite, Arachne vem até Peter em uma visão e explica que ela é o seu guardião, juntamente com a lembrança de que ser um herói é o seu destino e ele não pode escapar dele ("Turn Off the Dark").
Denegrido pela mídia e sofrendo problemas financeiros, Peter quer passar mais tempo com Mary Jane depois de perder a noite de abertura do seu jogo e começa a considerar tirar uma folga no combate à criminalidade.
Chateado com desculpas constantes de Peter e não querendo perder o melhor amigo que ela já teve, Mary Jane sugere uma ruptura no relacionamento ("I Just Can't Walk Away (Say It Now)").
Magoado, Peter decide não retomar seus atos heróicos como o Homem-Aranha e dá o seu traje para J. Jonah Jameson , dizendo-lhe que o Homem-Aranha foi exterminado.
Mais tarde, ele leva Mary Jane para um clube noturno e impulsivamente se declara à ela. Enquanto estava lá, o Duende Verde intercepta o sinal de TV do clube e envia uma mensagem para o Homem-Aranha ameaçando seus entes queridos. Peter leva Mary Jane para o apartamento dele e termina o relacionamento para o bem dela, de modo que seus inimigos não terão ela como alvo. Depois de contar à Mary Jane que ele sempre vai amá-la, Peter sai caminhando e percebe que ele precisa ser um herói não só para Mary Jane, mas para o mundo ("The Boy Falls From the Sky"). Homem-Aranha, em seguida, recupera seu traje no Clarim e vai atrás do Duende Verde.
O Duende senta em um piano no topo do Edifício Chrysler e apresenta com humor para o público, o seu plano de destruir Nova York ("I'll Take Manhattan").
Homem-Aranha chega pronto para lutar, mas é logo desmascarado quando o Duende revela que ele sabe a verdadeira identidade do Homem-Aranha. Peter tenta reviver o Norman bem-humorado dentro do Duende, mas sem sucesso. Peter envolve o Duende em um combate, mas antes que possa acabar com ele o Duende revela que ele tem Mary Jane, que agora balança no alto do Edifício Chrysler.
Uma batalha com vôos sobre o público tem lugar, e quando parece que toda esperança está perdida, o Homem-Aranha prende com teias o Duende em seu piano. O Duende, não percebendo isto, empurra o piano para o lado do Edifício Chrysler, levando-o até sua morte. Depois que Homem-Aranha salva Mary Jane, ela diz para ele não ir embora e revela que ela adivinhou quem ele é. Peter tira a máscara e eles se abraçam. Os dois contemplam a sua nova vida juntos antes de as sirenes começarem à soar e o Homem-Aranha partir para longe dali ("Finale - A New Dawn").