Em março de 2005, as coisas começaram à ficar mais emocionantes e mais definidas, com o primeiro concerto da Vertigo Tour se aproximando. O U2 passou um tempo ensaiando em Tijuana, México, e relatos diziam que o U2 teria ensaiado "A Celebration", "Lemon" e "A Man And A Woman". Paul McGuinness e os próprios membros da banda negaram o ensaio de "A Celebration", ainda mais devido ao desgosto expressado pela banda, com a música. No entanto, um fã relatou que perguntou à Paul McGuinness e foi-lhe dito que, apesar de "A Celebration" não ter sido em Tijuana, "Lemon" foi.
Depois de Tijuana, a banda foi para Vancouver para uma semana de ensaios. A maioria das músicas tocadas lá compuseram os setlists, embora algumas não por muito tempo: "Walk On" só foi aparecer em um show da turnê em 20 de setembro de 2005, e "Stuck In A Moment" algumas semanas mais tarde, em 4 de outubro de 2005.
Em algumas passagens de som, Adam tocou algumas linhas de baixo da canção "Surrender". Mas não conta como uma canção ensaiada, já que não teve participação dos outros integrantes da banda. Isto já havia ocorrido em 20 de abril de 2001, quando Adam em uma passagem de som tocou linhas de baixo da canção "4th Of July".
"Even Better Than The Real Thing" foi ensaiada em Vancouver, e a banda considerava mesmo tocá-la na turnê. Outra canção que também foi cogitada foi "Please", mas Bono utilizou apenas um snippet dela, durante uma performance de "Bullet The Blue Sky" em meados de maio de 2005.
No início da etapa europeia, houve muita especulação sobre as músicas que poderiam aparecer no setlist. Houve relatos de que o U2 ensaiava "Electrical Storm", em Bruxelas, antes da segunda etapa ter início. Alguns relatos diziam que a música foi tocada na íntegra, com essas afirmações divididas sobre se era uma performance acústica ou elétrica, enquanto o site U2.com publicou uma nota negando todos os ensaios, mas confirmando que Edge trabalhou em algumas das partes de guitarra de "Electrical Storm", mas só ele, sem a banda ensaiar a música completa. Mais tarde, na parte européia, "Spanish Eyes" surgiu nos ensaios, e uma foto original do setlist que seria tocado em 11 de agosto de 2005 em Madrid, mostrava a música no segundo encore entre "All Because Of You" e "Vertigo", no lugar de "Yahweh". No entanto, "Yahweh" fez a sua aparição habitual e "Spanish Eyes" não apareceu na turnê.
No início da terceira perna, U2 começou variando os seus setlists consideravelmente. Novamente, relatos diziam que a banda ensaiou "Lemon" e também "Daddy's Gonna Pay For Your Crashed Car". Uma canção que foi ensaiada durante a terceira perna da turnê, principalmente no mês de outubro, foi "The Wanderer". Ela realmente foi tocada, mas em uma passagem de som no dia 2 de novembro de 2005 em Los Angeles, para um especial de TV em tributo à Johnny Cash. Mas ela não apareceu em qualquer show da turnê Vertigo. Relatos falsos afirmaram que "The Unforgettable Fire" foi ensaiada em Los Angeles.