A versão ao vivo da canção "The Fly" na Elevation Tour, trazia The Edge tocando uma Gibson Les Paul Custom em uma nota mais alta, com menos wah-wah, diferente das performances ao vivo da ZooTV. Bono não tocou guitarra nestas performances da turnê Elevation. Esta versão também é notável por sua introdução cantada, com letras adicionadas por Bono. Essa nova letra envolveria ele recitar partes do refrão da canção. The Edge não canta em falsete durante o refrão como tinha feito na ZooTV. A versão da Elevation também incluiu o primeiro final estendido da canção.
A banda sentiu que, embora a música fosse boa, não tinham conseguido o valor correto. David Bowie disse-lhes, ao ouvi-la, que ela precisava ser regravada. Bono também disse: "levamos 15 anos para realmente corrigi-la e acertá-la ao vivo", o que implica que o produto pretendido pelo U2 é a versão ao vivo tocada na turnê Vertigo.